Organizacija pagal kompetenciją įgyvendina funkcijas Lietuvos Respublikos gyventojų sveikatos būklės ir sveikatos priežiūros įstaigų veiklos stebėsenos, sveikatos netolygumų ir sveikatos priežiūros technologijų vertinimo, darbo aplinkos poveikio sveikatai tyrimų, psichikos sveikatos stiprinimo, sveikatos mokymo ir ligų prevencijos, sveikatos priežiūros ir farmacijos specialistų kompetencijų ugdymo bei papildomos ir alternatyviosios sveikatos priežiūros srityse.