Organizacija prižiūri valstybinės reikšmės Lietuvos Respublikos vidaus vandenų kelius, siekia užtikrinti vidaus vandenų kelių kiekybinius ir kokybinius parametrus, užtikrinti navigacijos trukmę eksplotuojamuose vidaus vandenų kelių ruožuose, plėtoja vidaus vandenų kelius, jų infrastruktūrą keleiviams ir kroviniams vežti. Plėtoja krovininę, pramoninę ir keleivinę laivybą vidaus vandenų keliais.