Organizacija teikia rekomendacijas Seimui ir Vyriausybei svarstant šalies mokslo klausimus ir stiprinant Lietuvos mokslo tarptautinius ryšius. Organizacija yra atsakinga už mokslo finansavimą: skelbia konkursus mokslinės veiklos finansavimui, administruoja ir vertina gautas konkursų paraiškas, finansuoja mokslinius tyrimus, teikia paramą doktorantų profesinėms išvykoms, akademinėms asociacijoms, studentų tyrimams bei podoktorantūros stažuotėms. Organizacija taip pat atlieka mokslo institucijų vertinimą bei dalyvauja tarptautinio bendradarbiavimo programose.