Organizacija yra institucija, įgyvendinanti valstybės politiką ir strategiją saugomų teritorijų apsaugos ir tvarkymo srityje ir vykdanti saugomų teritorijų valstybinio valdymo funkcijas. Organizacijai pavaldžios valstybinių parkų ir rezervatų direkcijos atsakingos už kraštovaizdžio, gamtos ir kultūros vertybių apsaugą ir tvarkymą, sąlygų pažintiniam turizmui vystyti sudarymą, ekologinį švietimą 3 valstybiniuose rezervatuose, biosferos rezervate, 4 nacionaliniuose parkuose, 28 regioniniuose parkuose. Organizacija ir saugomų teritorijų direkcijos taip pat vykdo valstybinių draustinių bei potencialių Europos saugomų teritorijų tinklo Natura 2000 teritorijų tyrimus, inventorizaciją ir organizuoja teritorijų planavimo dokumentų rengimą.