Organizacija prie Sveikatos apsaugos ministerijos atlieka fizinių ir juridinių asmenų licencijavimą asmens ir visuomenės sveikatos priežiūros veiklai, juridinių asmenų akreditavimą asmens sveikatos priežiūros veiklai, medicinos priemonių atitikties įvertinimo valdymo funkcijų vykdymą pagal ES direktyvas, sveikatos priežiūros technologijų, susijusių su medicinos priemonėmis, vertinimą, brangių medicinos priemonių naudojimą ir valdymą šalyje, pacientų teisių priežiūros funkcijų vykdymą, sveikatos priežiūros paslaugų kokybės priežiūros funkcijų vykdymą.