Organizacija pagal kompetenciją, Lietuvos Respublikos įstatymų ir Europos Sąjungos (ES) teisės aktų nustatyta tvarka dalyvauja įgyvendinant valstybės politiką aplinkos apsaugos, klimato kaitos valdymo ir pastatų renovacijos srityse, administruoja ir įgyvendina aplinkos apsaugos, klimato kaitos valdymo, taršos prevencijos ir pastatų renovacijos sričių projektus, taip pat ES arba Lietuvos Respublikos biudžeto lėšomis vykdo Sąjungos šiltnamio efektą sukeliančių dujų registro nacionalinio administratoriaus funkcijas ir vykdo Jungtinių Tautų bendrosios klimato kaitos konvencijos, Kioto protokolo bei Paryžiaus susitarimo įtvirtintų lanksčiųjų mechanizmų vykdymo funkcijas.