Organizacija vykdo pasienio kontrolės punktų ir aikštelių, skirtų transporto priemonėms, laukiančioms kirsti valstybės sieną, statybos užsakovo, turto valdymo ir priežiūros bei patekimo į pasienio kontrolės punktus organizavimo funkcijas, taip pat įgyvendina pasienio kontrolės punktų plėtros strategijos priemones. Organizacija įsteigė transporto priemonių, laukiančių kirsti Lietuvos Respublikos valstybės sieną, eilių valdymo informacinę sistemą, kuri leidžia iš anksto rezervuoti pageidaujamą valstybės sienos kirtimo laiką pasirinktame punkte.